Las excavaciones debajo de la Basílica de San Pedro comenzaron en el siglo pasado. Supuestamente es el lugar donde se encuentra la tumba de San Pedro. Dada la ubicación de la necróplis del Vaticano existe una gran cantidad de solicitudes para visitarla. San Pedro, tras la crucifixión de Jesús, viajó a Roma para entregar el Evangelio. El Apóstol y padre de la Iglesia fue obispo de Roma y fue mortificado y crucificado a mediados del año 64 d.C. en el Circo de Nerón, siendo enterrado en la necrópolis adyacente. Cerca de 300 años más tarde, se construyó la Basílica de San Pedro en su honor.
Después del Edicto de Milán, el Emperador Constantino I comenzó la construcción de la primera basílica vaticana, época en la que aún se utilizaba la necrópolis. A pesar que por ley, el espacio de la necrópolis estaba protegido, para poder tener un área plana donde colocar los cimientos de la iglesia. Constantino ordenó excavar parte de la necrópolis, lo que la llenó de desechos del suelo y de la nueva construcción, siendo sepultada. Sólo se conservó la Tumba de San Pedro.
Gracias a estas excavaciones bajo la basílica fue posible encontrar la necrópolis de San Pedro. Una frase en la que pone "Petros Eni" ("Pedro está aquí") indica un lugar en el que existe una especial energía. Allí se encontraon los restos óseos envueltos en un manto de púrpura con hilo de oro pertenecientes a un hombre de edad avanzada, los del Apóstol San Pedro. La catacumba es estrecha y en la tumba de San Pedro sólo se puede entrar de uno en uno y tras la tumba de San Pedro se llega a otra sala donde están las tumbas de los Papas.
Este es un lugar muy especial. La necrópolis fue originalmente un cementerio construido en la ladera sur de la Colina Vaticana, junto al Circo de Calígula: de acuerdo con la ley romana, estaba prohibido enterrar a los muertos dentro de los muros de la ciudad. Por esta razón, los cementerios se originaron a lo largo de las carreteras fuera de los límites de la ciudad. Según la tradición, San Pedro fue martirizado hacia los años 64 o 67 en el Circo de Nerón, siendo enterrado en la necrópolis adyacente.
