Asimismo, se abordó el funcionamiento y las figuras del Tribunal de la Inquisición en Valencia, destacando el papel de los jurados y los notarios, quienes decidían sobre las herejías y mantenían un índice de libros prohibidos. Los notarios se dividían en diferentes tipos, como los de secuestro, que registraban propiedades embargadas, y los de secreto, que anotaban las confesiones de los acusados. Además, se mencionan los familiares, que eran laicos que, aunque no pertenecían al Santo Oficio, tenían el privilegio de acusar a otros de herejía. Esta figura se convirtió en un problema debido al gran número de familiares, por lo que en 1568 se limitó su cantidad.
Ferrero también describió la brutalidad de la Inquisición y sus métodos de tortura, incluyendo la persecución de judaizantes y moriscos. Los judaizantes, a pesar de haberse convertido al cristianismo, eran perseguidos por mantener prácticas judías en secreto. La Inquisición condenó a muchos a la hoguera por herejías reales o supuestas. Por otro lado, la persecución de moriscos, que incluyó la expulsión masiva en 1609, se debió a su resistencia a la conversión forzada y su cultura distinta, que incluía prácticas y tradiciones que la Inquisición consideraba heréticas.
Finalmente, se exploraron las acusaciones de sodomía y bigamia, que fueron severamente castigadas por la Inquisición, y la superstición y hechicería, que también fueron perseguidas. Las mujeres, en su mayoría curanderas y adivinas, eran las más acusadas de hechicería. La narrativa destaca que los métodos de tortura y la represión de la Inquisición, incluyendo la ejecución pública y la presión social para aceptar la doctrina oficial, fueron brutales. Y cerró la conferencia mencionando a Cayetano Ripo, el último condenado por la Inquisición en 1826, subrayando la crueldad y la falta de justicia en estos procesos.